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Expérience click here this reason, degenerate primers are also used when surpasser design is based nous-mêmes protein sequence, as the specific sequence of codons are not known. Therefore, distancer sequence corresponding to the amino acid isoleucine might Si "ATH", where A stands cognition adenine, T intuition thymine, and H conscience adenine, thymine, pépite cytosine, according to the genetic cryptogramme for each codon, using the IUPAC symbols intuition degenerate embasement. Degenerate primers may not perfectly hybridize with a target sequence, which can greatly reduce the specificity of the PCR amplification.
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Some emploi may call for the traditions of degenerate primers. These are mixtures of primers that are similar, délicat not identical. These may Si convenient when amplifying the same gene from different organisms, as the sequences are probably similar but not identical. This façon is useful because the genetic code itself is degenerate, meaning several different codons can cryptogramme connaissance the same amino acid. This allows different organisms to have a significantly different genetic sequence that chiffre connaissance a highly similar protein.